Денкорань расположена в юго-восточной части республики и имеет весьма выгодные физико-географические условия. Территория Ленкорани на севере граничит с Куро-Араксинской низменностью, а на юго-востоке - с Каспийским морем. Рельеф территории в основном составляют равнины. Большая часть территории Ленкорани лежит в низменности, которая расположена на 28 метров ниже уровня океана на берегу Каспийского моря, остальная часть города лежит на склоне гор, на высоте 200 метров над уровнем моря.